In Deutschland kommt der Lungen-Enzian vom Niederrhein, Schleswig-Holstein, Mecklenburg-Vorpommern bis zum Voralpenraum vor. Blütezeit ist zwischen Juni und Oktober. Der Lungenenzian wächst auf nährstoffarmen und wechselfeuchten Feuchtwiesen (Pfeifengraswiesen), Borstgrasrasen und Flachmoorwiesen. Im Nordwestdeutschen Tiefland ist er wegen der Seltenheit der anderen Lebensraumtypen vor allem in Feuchtheiden anzutreffen. Da die an den Vorkommen der Glockenheide (Erica tetralix) erkennbaren Feuchtheiden heute kaum noch durch Schafe beweidet werden, ist er auch dort selten geworden. Ein Vorkommen gibt es in Niedersachsen z.B. auf NABU-Naturschutzflächen am Ewigen Meer.
Die jungen Raupen des Lungenenzian-Ameisenbläulings (ein Schmetterling) leben monophag vom Lungen-Enzian.